In St. Anna begann die Reformation in Augsburg. Der damalige Prior des Karmeliterklosters, Prior Frosch, erhielt die Doktorwürde an der Universität in Wittenberg und legte, später dann zusammen mit Urbanus Rhegius, die Schrift nach evangelischem Verständnis aus. 1523 legte er sein Amt als Prior nieder. Zwei Jahre später trat er vollends aus dem Orden aus und wurde in der St. Annakirche getraut. Am 25. Dezember 1525 fand die erste evangelische Abendmahlsfeier unter beiderlei Gestalt (mit Brot und Wein) in St. Anna statt.
Die Mehrzahl der Mönche trat in der Folgezeit aus dem Orden aus. Bereits 1531 wurde in den weitgehend leerstehenden Räumen des Kloster die erste evangelische Lateinschule eingerichtet.
1534 führte der Rat der Stadt die Reformation in Augsburg offiziell ein. In St. Anna übergab der letzte Prior mit den noch verbliebenen Mönchen gegen eine Leibrente das Klostervermögen dem Hospital zum Heiligen Geist. Der evangelische Gottesdienst wanderte von St. Anna nach St. Moritz . Der Rat ließ die Kirche schließen, weil sie als Gemeindekirche nicht mehr gebraucht wurde, da nun alle anderen Kirchen evangelisch waren. Von 1537 bis 1547 war Augsburg eine rein evangelische Stadt. Mit der Niederlage der Evangelischen im Schmalkaldischen Krieg änderte sich allerdings die Lage der Evangelischen auch in Augsburg. Der evangelischen Bevölkerungsmehrheit blieben nun nur die Kirchen: St. Anna, Zu den Barfüßern, die Predigthäuser von St. Ulrich , St.Georg und Heilig Kreuz, die Jakobskapelle und die Pfarrstelle am Spital. So wurde St. Anna als Gemeindekirche wieder gebraucht und 1548 für Gottesdienste erneut geöffnet.
Gottesdienst anläßlich des Reformationstags 2014
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