In den schweren Luftangriffen auf Augsburg am 25.und 26. Februar 1944 wurde auch die St. Annakirche schwer getroffen. Oberkirchenrat Wilhelm Bogner (Dekan in Augsburg und 1. Pfarrer an St Anna von 1937 bis 1945) schreibt in seinem Tagebuch aus dieser Zeit:
Augsburg war nun - nach dem 2. Angriff - ein einziges Flammen- und Rauchmeer. Es war nicht taghell, aber schauerlich hell geworden. Brände, Großbrände ohne Zahl. - Wir fingen wieder an in der Kirche zu löschen. Die Orgel war verbrannt, die Orgelempore brannte, das Chorgestühl, besonders auf der Südseite begann zu glühen. Vor allem galt es zu verhüten, dass das Feuer vom Rektorat (heute Augustanahaus) her auf die südliche Empore übergriff. Herr Strauss leitetet umsichtig die Löschmaßnahmen. Wir hielten die Treppe, die vom Rektorat zur Kirchenempore führte, ständig unter Wasser, während über uns das Gewölbe einzustürzen drohte..Zwischendurch mußte man auf das Dach der Österreicherkapelle eilen, um das dortige Feuer zu löschen ... Wir schlugen eine Lücke im Treppenhaus des Rektorats, damit das Feuer nicht zum Pfarrhaus weiter fressen konnte ... Pfarrer Rüdel arbeitete mit größter Tapferkeit und zähester Ausdauer. Stunde um Stunde löschten weiter ...
Gegen Mittag, als die Hauptgefahr in der Kirche beseitigt war, und wir vor Erschöpfung fast nicht mehr konnten, schaute ich mich in der Umgebung um ... Der Martin-Lutherplatz, der Moritzplatz - ein Feuermeer. Ob das Rathaus brannte, konnte man vor Ruß und Rauch nicht feststellen, dazu das Tosen und Rauschen des Feuers überall. Untergang, Chaos, Wahnsinn! So die Bürgermeister Fischerstr., die Bahnhofstr., das Postamt. Nur der Bahnhof steht noch. Und wie sieht das Diakonissenhaus aus! Mit Ausnahme des Mutterhauses alles in Flammen! Dann wieder heim zum Löschen, vorbei am Stadttheater, ein rauchender Krater, wie auch das Justizgebäude ...